A Igreja Presbiteriana dos Estados Unidos desenvolveu uma forte preocupação missionária. Assim, acabou enviando missionários para vários países do mundo, dentre os quais o Brasil. Em 12 de agosto de 1859 desembarcou no Rio de Janeiro o Rev. Ashbel Green Simonton, com somente 26 anos de idade, e sem saber falar português. Simonton organizou a primeira igreja presbiteriana no Rio de Janeiro, fundou o primeiro jornal evangélico do país, chamado "A Imprensa Evangélica" (sucedido mais tarde pelo "O ESTANDARTE"), organizou a primeira igreja presbiteriana de São Paulo através da atuação de seu cunhado, Rev. Alexander Latimer Blackford, organizou o primeiro presbitério brasileiro e com apenas 34 anos de idade veio a falecer, sendo sepultado na cidade de São Paulo.

Aos poucos foi surgindo um grupo de pastores nacionais que, ao lados dos missionários, atendia a todo o rebanho, muitas vezes espalhado pela zona rural. Isso fez com que muitas igrejas dependessem de uma liderança leiga muito ativa, pois a visita dos pastores era esporádica. Por outro lado, seguindo influências norte-americanas, onde as igrejas mantinham colégios e escolas, o Presbiterianismo no Brasil fundou escolas para melhor influenciar o país e as novas gerações. Hoje a mais famosa delas é o Colégio e Universidade Mackenzie na cidade de São Paulo.